為貫徹黨中央西部大開發(fā)的戰(zhàn)略部署，大力發(fā)展西部航海類教育和船員培訓事業(yè)，從2007年起我院開始著手籌辦航運工程系，主要培養(yǎng)遠洋船員。經過幾年的發(fā)展，現有航海技術、輪機工程技術、國際郵輪乘務管理三個專業(yè)，設有三個教研室。現有教職工30余人。其中教授1人、副教授4人、高級講師1人、講師18人，同時包含船長4人、輪機長4人、大管、大副、二管、二副20余人。專業(yè)教師已完全符合國家海事局對船員教育培訓的師資結構和數量的要求，師資結構基本合理，整體素質較高，是一支具有較強專業(yè)技能的教學團隊。

在交通廳和學院的大力支持下，特別是在2012年獲得交通運輸部專項支持資金1026萬，已建成水手工藝、氣象、GPS、羅經、雷達、GMDSS、海圖作業(yè)、電子海圖、雷達模擬器、駕駛模擬器、高級消防艙、輪機綜合實訓中心、全任務輪機模擬器、多功能實訓船、海員素養(yǎng)多功能等實訓室以及電子海圖桌面系統(tǒng)、虛擬場景數字語音室、4間理實一體化教室等實訓室。2017年四川省創(chuàng)新行動項目“駕機一體虛擬仿真實訓中心”正在建設中。總資產約4500萬元，其設備配置已超過部海事局的標準，實訓條件達到國內同類學校的先進水平。

     在各級領導的大力支持和全體教職工的不懈努力下，教育水平已取得長足進步。2014年獲得交通職業(yè)教育教學成果二等獎，航海技術專業(yè)為省級重點專業(yè)；2018年輪機工程列為行指委骨干專業(yè)。2016年開始探索“三明治”海員培養(yǎng)模式，并列為高水平建設專業(yè)。此改革吸引了大量企業(yè)，參與企業(yè)不斷增多，從企業(yè)選擇我們，到我們選擇企業(yè)，學生的就業(yè)選擇大幅提高，就業(yè)形勢逆勢上揚，學生實習期滿后任三副三管的平均月薪在1500美元到2000美元。據麥可思調查資料顯示2016屆畢業(yè)生半年后月收入航海技術達4121元，輪機工程技術達4043元。

經過十二年的風雨歷程，航運工程系從無到有，由弱變強。堅持以就業(yè)為導向，以品質求生存，以特色求發(fā)展，堅持學院教育與服務社會并舉，堅持內涵提升與效益發(fā)展并舉，在發(fā)展中逐步壯大。以培養(yǎng)“體能強、英語好、技能精、素質高”的合格高級海員為目標；堅持引鳳入巢，校企融合、國際合作、借力辦學的理念，高起點、高標準、高速度建設教學團隊和實訓基地。

航運工程系先后與大連國際、長航、鑫裕盛、中遠海運、華洋海事中心、天津惠通、重慶工程局等幾十家企業(yè)合作育人、合作辦學、合作就業(yè)。許多畢業(yè)生現就職于香港、臺灣、日本、新加坡等遠洋公司。